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Para a motherboard, use um pacote chamado lm-sensors. Para instalar:
# apt-get install lm-sensors

lm-sensors requer algumas tentativas para configurar, mas em computadores mais novos isto é geralmente feito de forma automática.

Para os HDs, use um pacote chamado hddtemp, que é um programa bastante simples. Para instalar:
# apt-get install hddtemp

Para usar o hddtemp, nada mais simples:
# hddtemp /dev/[seu drive]
onde [seu drive] deve apontar para o HD a ser medido, como por exemplo /dev/hda ou /dev/sda.

Para ter controle completo dos ventiladores, use o pacote fancontrol. O fancontrol permite que voce controle a velocidade de cada ventilador que a motherboard permitir ligar/desligar via software. Este pacote é bastante útil se você acha que seu computador está barulhento mas requer alguns cuidados pra configurar. Quer saber mais? Deixe um comentário.